互为同分异构体的二肽水解产物不一定相同，具体取决于同分异构的类型：

连接顺序异构

1.  若两个二肽由不同的氨基酸连接顺序构成（如A-B与B-A），水解后会生成相同的两种氨基酸，产物相同。例如，甘氨酸-丙氨酸（Gly-Ala）与丙氨酸-甘氨酸（Ala-Gly）水解均得到甘氨酸和丙氨酸。

2. 立体异构（手性异构）
若二肽中存在手性中心且构型不同（如L-丙氨酸-D-丙氨酸与D-丙氨酸-L-丙氨酸），水解后可能生成不同构型的氨基酸（L型与D型），导致产物不同。

3. 氨基酸结构异构
若组成二肽的氨基酸本身互为同分异构体（如异亮氨酸与亮氨酸），即使连接顺序相同，水解后也会生成不同的氨基酸，产物不同。例如，异亮氨酸-甘氨酸（Ile-Gly）与亮氨酸-甘氨酸（Leu-Gly）水解分别得到异亮氨酸/甘氨酸和亮氨酸/甘氨酸。

结论：
当同分异构由立体异构或氨基酸本身的结构异构引起时，水解产物可能不同；若仅由连接顺序不同导致，则产物相同。因此，需具体分析异构类型，不能一概而论。

一、同分异构体的二肽类型

1. 同一对氨基酸的不同连接顺序
   例如，由氨基酸 A 和氨基酸 B 组成的二肽有两种结构：A-B和B-A。
   • 二者分子式相同（如甘氨酸 – 丙氨酸和丙氨酸 – 甘氨酸的分子式均为C5​H10​N2​O3​），属于同分异构体。
   • 水解后均生成氨基酸 A 和氨基酸 B，产物相同。
2. 不同氨基酸对组成的二肽
   若两组不同的氨基酸（如 A+C 和 B+D）形成的二肽分子式相同，则它们互为同分异构体。
   • 例如：甘氨酸（Gly，C2​H5​NO2​）与苏氨酸（Thr，C4​H9​NO3​）组成的二肽（Gly-Thr），与丙氨酸（Ala，C3​H7​NO2​）与丝氨酸（Ser，C3​H7​NO3​）组成的二肽（Ala-Ser），分子式均为C6​H12​N2​O4​，互为同分异构体。
   • 水解后，Gly-Thr 生成甘氨酸和苏氨酸，Ala-Ser 生成丙氨酸和丝氨酸，产物不同。